En 1988 pasó al Club Atlético Independiente, donde ganó el título de la Primera División de Argentina. Es quizás, junto a Marcelo Espina, Julio Cozzi, Claudio Spontón, tercera equipacion barcelona el máximo ídolo del club «Calamar». Ese mismo año, Platense jugó un desempate ante Temperley por no descender, y Alfaro hizo el gol de la victoria, siendo, en ese momento, camiseta del barcelona el primer jugador de la historia del fútbol mundial en sacarse la camiseta.
