En julio del 2009 Paulo regresa nuevamente al Club Guaraní su segunda casa en esta tercera etapa, ya con más roce internacional y más experiencia adquirida en el fútbol extranjero disputa el Torneo Clausura 2009 donde el Club Guaraní consigue la clasificación para la Copa Sudamericana 2010 que se jugaría en mencionado año. La final se jugaría contra el Deportivo Jalapa, en ambos compromisos el equipo Rojo cae en los marcadores; en la final de Ida en condición de visita el marcador 2 a 1, y en la final de vuelta; de local en el Estadio Mateo Flores por 1 a 0, camiseta atletico de madrid 2023 dejando nuevamente con las manos vacías al Club Social y Deportivo Municipal.
