En 1996, Thomas Voulinos entregó las riendas del club a Giorgos Batatoudis. Los años 90 vieron la salida de la presidencia del club de Thomas Voulinou con los aficionados organizados y dirigidos a principios de 1996 con el cambio de titularidad y situación administrativa. Bajo la dirección del técnico holandés Ari Haan en el período 1994 a 1995, el PAOK terminó tercero en el campeonato y quedó fuera de las competiciones europeas por descalificación, la cual había sido impuesta por la UEFA en 1992 por los incidentes en el partido contra el Paris Saint Germain FC de Francia.
